As fossa sépticas não devem ficar muito perto das moradias, já que podem apresentar mau cheiro. Também não é aconselhável que fiquem muito longe, já que exigiria tubulações muito longas.

Seus efluentes precisam ser infiltrados no solo para completar o processo biológico de purificação e eliminar os riscos de contaminação. No entanto, se forem fundas demais acabam sendo pouco econômicas, por conta do caimento da tubulação.

O ideal é que sejam construídas na altura lado do banheiro, para evitar curvas nas canalizações. A distância recomendada é de 6 metros.

Devem ficar num nível mais baixo do terreno e longe de poços ou de qualquer outra fonte de captação de água (no mínimo, a 30m de distância), para evitar contaminações, no caso de um eventual vazamento.

A manutenção e limpeza das fossas sépticas é feita por empresas de desentupimento.